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eventuali approfondimenti e chiarimenti.
Tesi di Laurea Specialistica / Magistrale
C'è disponibilità di tesi a vario livello di difficoltà e durata nell'ambito del Calcolo Molecolare,
con tecniche di Linguaggi Formali e Teoria dei Codici.
Il lavoro di tesi consiste nell'analisi e nel confronto di alcuni articoli prodotti nell'ambito del Calcolo
Molecolare, precisamente per la progettazione di un insieme di parole che sia
affidabile ed efficiente per codificare problemi in sequenze di DNA (DNA
code word design problem).
In particolare si possono affrontare due aspetti che riflettono due direzioni di
ricerca.
Il primo è sperimentale: si analizzano alcune tecniche per
misurare la bontà dell'insieme, proponendo sia generalizzazioni della distanza
di Hamming sia simulazioni direttamente in laboratorio
(precisazione: si tratta non di lavorare in un laboratorio,
ma di analizzare risultati sperimentali ottenuti in tal senso).
Il secondo aspetto affronta lo stesso problema definendo e studiando opportune
proprietà di linguaggi formali.
Il lavoro di tesi (nel caso di tesi elaborative/di ricerca) richiede la
rielaborazione con precisione degli articoli proposti, alcuni molto tecnici,
chiarendo tutti i punti non esplicitati (talvolta dimostrando enunciati senza
prove) e confrontando i vari risultati.
[1] L. M. Adleman, Molecular Computation of Solutions to
Combinatorial Problems, Science, Vol.266, pp.1021-1024, 1994.
[2] E. B. Baum, DNA Sequences Useful for Computation, DNA Based Computers II,
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[4] R. S. Braich, N. Chelyapov, C. Johnson, P. W. K. Rothemund, L. Adleman,
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[8] M. Garzon, R. Deaton, P. Neathery, R. C. Murphy, D. R. Franceschetti, S. E.
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[9] M. Garzon, P. Neathery, R. Deaton, R. C. Murphy, D. R. Franceschetti, S. E.
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[12] J. E. Hopcroft, R. Motwani, J. D. Ullman, Automi, linguaggi e calcolabilità,
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[13] J. E. HopCroft, J. D. Ullman, Introduction to automata theory, languages,
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[17] L. Kari, S. Konstantinidis, P. Sosìk, On properties of bond-free DNA
languages, Theoretical Computer Science 334, pp. 131-159, 2005.
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Calcolo Molecolare: Circular Splicing systems (anno acc. 2003-2004) |
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DNA Code Word design problem via Linguaggi Formali (anno acc. 2006-2007) |
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Progetto, analisi e implementazione in Java di un algoritmo efficiente per testare l'univoca decifrabilita' di linguaggi regolari, Tesi di Laurea Specialistica in Informatica (anno acc. 2009-2010) |
Alcuni interessanti progetti possono prendere spunto dai seguenti: MScProjects (2011-2012), BScProjects (2011-2012), Bsc/MSciProjects (2014-2015), MscProjects (2014-2015). .
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Computazione efficiente di absent words in sequenze genomiche: implementazione in Java (anno acc. 2011-2012) |
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CodeGen 2: progettazione e implementazione in Java di algoritmi efficienti per testare proprieta' di DNA code words (anno acc. 2011-2012) |
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Il Road Coloring Problem: dalla congettura alla soluzione (anno acc. 2011-2012, Tesi di Laurea v.o.) |
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Implementazione in Java di un algoritmo di Capocelli-Hoffmann per decidere l'univoca decifrabilita' e altre proprieta' di un insieme finito di parole (anno acc. 2006-2007) |
Abstract del tirocinio, consultabile qui
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Implementazione in Java di un algoritmo di McCreight per la costruzione dei suffix tree (anno acc. 2006-2007) |
Abstract del tirocinio e bibliografia
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Implementazione in Java dell'algoritmo di Rodeh per decidere l'univoca decifrabilita' di un insieme finito di parole: uso del suffix tree e sue estensioni (anno acc. 2009-2010) |
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Implementazione in Java di un pacchetto per gestire parole circolari e analizzare loro proprieta' (anno acc. 2009-2010) |
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Decidere l'univoca decifrabilita' di un insieme finito di parole mediante il suffix tree: implementazione in Java dell'algoritmo di Rodeh (anno acc. 2011-2012) |
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Implementazione in Java di un modello generativo di parole ispirato da un meccanismo biologico: il caso dei sistemi splicing (1,3)-semi semplici circolari (anno acc. 2008-2009) |
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Implementazione in Java di un modello generativo di parole ispirato da un meccanismo biologico: dall'analisi di un caso particolare al caso generale dei sistemi splicing circolari finiti (anno acc. 2008-2009) |
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Integrazione in JFlap di un meccanismo generativo di parole ispirato dalla biologia (anno acc. 2009-2010) |